摘要：
目的 综合评估 3 种游离核酸（cfDNA）提取试剂盒，以筛选出经济可靠的商品试剂盒。 方法 我们使用了 3 种不同的试剂盒提取 10 名健康人血浆中的 cfDNA，并使用 Agilent 2100 生物芯片分析 仪对 cfDNA 片段大小和丰度进行评估。同时，我们还使用微滴式数字 PCR（ddPCR）对 cfDNA 中的核糖核 酸酶 P 蛋白亚基 p30（RPP30）、NADH 脱氢酶亚基 1（ND1）、NADH 脱氢酶亚基 4（ND4）基因拷贝数进行 定量，并利用实时荧光定量 PCR（qPCR）检测 cfDNA 中藤黄节杆菌序列（ALU）ALU115 和 ALU247 的浓度。 此外，我们还在混合血浆中掺入 50 ~ 766 bp 的 DNA Ladder，然后使用上述 3 种提取试剂盒对其进行提取， 并使用 Agilent 2100 生物芯片分析仪分析各 DNA 片段的浓度，以计算不同试剂盒对不同大小的 DNA 片 段的回收率和提取偏好性。结果 3 种试剂盒从健康人血浆中纯化的 100 ~ 300 bp cfDNA 浓度分别为 （5.10 ± 1.99）、（4.64 ± 3.09）和（1.82 ± 1.29）ng/mL（P = 0.006）。Kit A 所提取的 RPP30 拷贝数显著高于 Kit C （P = 0.018），而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C（P = 0.001；P = 0.001；P = 0.001； P = 0.001）。此外，Kit A 所提取的 cfDNA 中，ALU 115 和 ALU 247 的浓度也显著高于 Kit C（P = 0.009；P = 0.003）。3 种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性 DNA Ladder 的回收率差异有统计学意义（P < 0.001），同 时 Kit B 和 Kit C 对不同大小的 DNA 片段也存在提取偏好性。结论 Kit A 性能最佳，Kit B 是一种低成本替代方案，其工作流程更简单省时。
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