医学检查与临床诊断

三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA 提取性能的比较

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  • 首都医科大学宣武医院1 神经生物学研究室,4 临床样本中心(北京 100053);2 教育部神经变性病重点实验 室(北京100053);3 国家老年疾病临床医学研究中心(北京 100053);5 河北医科大学第一医院神经内科 (石家庄 050031) 

网络出版日期: 2023-06-25

基金资助

国家重点研发计划(编号:2021YFC2501205) 

Performance comparison of three cell⁃free nucleic acid extraction kits for plasma cfDNA extraction 

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  • Neurobiology Laboratory,Xuanwu Hospital,Capital Medical University,Beijing 100053,China;*Key Laboratory of Neurodegenerative Diseases, Ministry of Education,Beijing 100053,China;*National Clinical Research Center for Geriatric Diseases,Beijing 100053,China 

Online published: 2023-06-25

摘要

目的 综合评估 3 种游离核酸(cfDNA)提取试剂盒,以筛选出经济可靠的商品试剂盒。 方法 我们使用了 3 种不同的试剂盒提取 10 名健康人血浆中的 cfDNA,并使用 Agilent 2100 生物芯片分析 仪对 cfDNA 片段大小和丰度进行评估。同时,我们还使用微滴式数字 PCR(ddPCR)对 cfDNA 中的核糖核 酸酶 P 蛋白亚基 p30(RPP30)、NADH 脱氢酶亚基 1(ND1)、NADH 脱氢酶亚基 4(ND4)基因拷贝数进行 定量,并利用实时荧光定量 PCR(qPCR)检测 cfDNA 中藤黄节杆菌序列(ALU)ALU115 和 ALU247 的浓度。 此外,我们还在混合血浆中掺入 50 ~ 766 bp 的 DNA Ladder,然后使用上述 3 种提取试剂盒对其进行提取, 并使用 Agilent 2100 生物芯片分析仪分析各 DNA 片段的浓度,以计算不同试剂盒对不同大小的 DNA 片 段的回收率和提取偏好性。结果 3 种试剂盒从健康人血浆中纯化的 100 ~ 300 bp cfDNA 浓度分别为 (5.10 ± 1.99)、(4.64 ± 3.09)和(1.82 ± 1.29)ng/mL(P = 0.006)。Kit A 所提取的 RPP30 拷贝数显著高于 Kit C (P = 0.018),而Kit A和Kit B所提取的ND1和ND4拷贝数也均显著高于Kit C(P = 0.001;P = 0.001;P = 0.001; P = 0.001)。此外,Kit A 所提取的 cfDNA 中,ALU 115 和 ALU 247 的浓度也显著高于 Kit C(P = 0.009;P = 0.003)。3 种试剂盒对混合血浆中掺入的外源性 DNA Ladder 的回收率差异有统计学意义(P < 0.001),同 时 Kit B 和 Kit C 对不同大小的 DNA 片段也存在提取偏好性。结论 Kit A 性能最佳,Kit B 是一种低成本替代方案,其工作流程更简单省时。 

本文引用格式

应超, 蔡燕宁, 郝淑文, 王婷, 刘沅贺, 赵立芳 . 三种游离核酸提取试剂盒对血浆cfDNA 提取性能的比较[J]. 实用医学杂志, 2023 , 39(12) : 1556 -1563 . DOI: 10.3969/j.issn.1006⁃5725.2023.12.017

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