N6-腺苷酸甲基化结合蛋白的遗传变异与胃癌风险关联分析

doi:10.3969/j.issn.1006-5725.2023.21.024

摘要/Abstract

摘要：

目的探讨YTHDF1 rs6011668、HNRNPA2B1 rs2070601和rs76558212的单核苷酸多态性（SNPs）与胃癌风险关联。方法收集胃癌病例457例，健康对照525例，采用结合多重PCR和高通量测序的Hi-SNP的基因分型方法对YTHDF1 rs6011668、HNRNPA2B1 rs2070601和rs76558212进行基因分型；使用χ²检验和logistic 回归分析SNPs与胃癌发病风险和临床进展的关联，使用多因素logistic 回归和Risk Score（RS）模型综合分析环境和遗传因素对胃癌发病的影响。结果 YTHDF1 rs6011668 TT基因型携带者的胃癌发病风险是CC基因型携带者的3.075倍（95%CI：1.128 ~ 8.382，P = 0.028），是CC/TC基因型携带者2.961倍（95%CI：1.091 ~ 8.033，P = 0.033）；分层分析发现，TT基因型主要增加不饮茶者、吃腌制食物者和吃油炸食物者的胃癌发病风险（P < 0.05）；此外，TT基因型携带者增加胃癌浸润程度、淋巴结转移、远端转移和中晚期风险（P < 0.05）。综合环境与遗传因素，计算病例组和对照组的风险评分（RS），以RS四分位数分组发现，RS得分越高，胃癌发病风险越高。与RS ≤ Q25组相比，Q25 ≤ RS < Q50组、Q50 < RS < Q75组和RS ≥ Q75组胃癌的发病风险分别为3.090、9.731和 19.949。结论 YTHDF1 rs6011668突变基因型可能与增加胃癌发病风险和推进临床进展有关，结合环境与遗传因素能更好地评估胃癌的发病风险。

关键词: 胃癌, N6-腺苷酸甲基化, YTH结构域家族蛋白1, 异质核核糖核蛋白A2B1, 单核苷酸多态性

Abstract:

Objective To investigate the association between single nucleotide polymorphisms （SNPs） of YTHDF1 rs6011668， HNRNPA2B1 rs2070601 and rs76558212 with the risk of gastric cancer. Methods A total of 457 cases with gastric cancer and 525 healthy controls were collected. The candidate SNPs were genotyped using Hi?SNP genotyping methods by multiplex rounds of PCR and high-throughput sequencing； the association between the three SNPs with the risk of gastric cancer was analyzed by test and Logistic regression. Multifactorial logistic regression and Risk Score （RS） model was used to analyze the influence of environmental and genetic factors on the risk of gastric cancer. Results YTHDF1rs6011668 TT genotype carriers had 3.075 times higher risk of gastric cancer than CC genotype carriers （95% CI：1.128 ~ 8.382， P = 0.028）， and 2.961 times higher risk than CC/TC genotypes carriers （95% CI：1.091 ~ 8.033， P = 0.033）. Subgroups-analysis revealed that TT genotype mainly increased the risk of gastric cancer in non?tea drinkers， pickled food eaters and fried food eaters（P < 0.05）. In addition， TT genotype carriers had the increased risk of gastric cancer infiltration， lymph node metastasis， distal metastasis and intermediate to advanced stages（P < 0.05）. The RS of the case and control groups were calculated by combining environmental and genetic factors. The higher the RS score， the higher the risk of gastric cancer was found in the RS quartile groups. Compared with the RS < Q25 group， the risk of gastric cancer in the Q25 < RS < Q50， Q50 < RS < Q75 and RS ≥ Q75 groups was 3.090， 9.731 and 19.949， respectively. Conclusion The YTHDF1 rs6011668 mutant genotype may be associated with an increased risk and clinical progression of gastric cancer， and combining environmental and genetic factors could better assess the risk of gastric cancer.

Key words: gastric cancer, m6A, YTHDF1, HNRNPA2B1, single nucleotide polymorphism

中图分类号:

R735.2

陆欣苑,冯延璐,李洁,许思易,李成云,刘桐,王新华,梁戈玉. N6-腺苷酸甲基化结合蛋白的遗传变异与胃癌风险关联分析[J]. 实用医学杂志, 2023, 39(21): 2834-2842.

Xinyuan LU,Yanlu FENG,Jie LI,Siyi XU,Chengyun LI,Tong LIU,Xinhua WANG,Geyu LIANG. Association of genetic variants of m6A binding protein with the risk of gastric cancer[J]. The Journal of Practical Medicine, 2023, 39(21): 2834-2842.

图/表 9

表1

表2

表3

表4

表5

表6

表7

图1

表8

参考文献 30

1	SUNG H， FERLAY J， SIEGEL R L， et al. Global Cancer Statistics 2020： GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries［J］. CA Cancer J Clin， 2021，71（3）：209-249.
2	MACHLOWSKA J， BAJ J， SITARZ M， et al. Gastric Cancer： Epidemiology， Risk Factors， Classification， Genomic Characteristics and Treatment Strategies［J］. Int J Mol Sci， 2020， 21（11）：4012.
3	OLIVEIRA C， PINHEIRO H， FIGUEIREDO J， et al. Familial gastric cancer： genetic susceptibility， pathology， and implications for management［J］. Lancet Oncol， 2015，16（2）： e60-70.
4	CAO G， LI H B， YIN Z， et al. Recent advances in dynamic m6A RNA modification［J］. Open Biol， 2016， 6（4）：160003.
5	MEYER K D， JAFFREY S R. Rethinking m6A Readers， Writers， and Erasers［J］. Annu Rev Cell Dev Biol， 2017， 33：319-342.
6	LIU T， WEI Q， JIN J， et al. The m6A reader YTHDF1 promotes ovarian cancer progression via augmenting EIF3C translation［J］. Nucleic Acids Res， 2020， 48（7）：3816-3831.
7	LI Q， NI Y， ZHANG L， et al. HIF-1α-induced expression of m6A reader YTHDF1 drives hypoxia-induced autophagy and malignancy of hepatocellular carcinoma by promoting ATG2A and ATG14 translation［J］. Signal Transduct Target Ther， 2021， 6（1）：76.
8	ALARCON C R， GOODARZI H， LEE H， et al. HNRNPA2B1 Is a Mediator of m （6）A-Dependent Nuclear RNA Processing Events ［J］. Cell， 2015， 162（6）： 1299-1308.
9	AN Y， DUAN H. The role of m6A RNA methylation in cancer metabolism［J］. Mol Cancer， 2022， 21（1）：14.
10	HAWKINS S F C， GUEST P C. Multiplex Single Nucleotide Polymorphism Analyses［J］. Methods Mol Biol， 2017，1546：143-148.
11	SAEKI N， ONO H， SAKAMOTOO H， et al. Genetic factors related to gastric cancer susceptibility identified using a genome-wide association study［J］. Cancer Sci， 2013，104（1）：1-8.
12	LIU J， CHENG J， LI L， et al. YTHDF1 gene polymorphisms and neuroblastoma susceptibility in Chinese children： an eight-center case-control study［J］. J Cancer， 2021，12（8）：2465-2471.
13	LUO Z， LI G， WANG M， et al. YTHDF1 rs6090311 A > G polymorphism reduces Hepatoblastoma risk： Evidence from a seven-center case-control study［J］. J Cancer， 2020， 11（17）：5129-5134.
14	LIU Y， LIN H， HUA R X， et al. Impact of YTHDF1 gene polymorphisms on Wilms tumor susceptibility： A five-center case-control study［J］. J Clin Lab Anal， 2021，35（8）： e23875.
15	LI Y， ZHOU D， LIU Q， et al. Gene Polymorphisms of m6A Erasers FTO and ALKBH1 Associated with Susceptibility to Gastric Cancer［J］. Pharmgenomics Pers Med， 2022，15：547-559.
16	WANG X， GUAN D， WANG D， et al. Genetic variants in m6A regulators are associated with gastric cancer risk［J］. Arch Toxicol， 2021，95（3）：1081-1088.
17	WANG H， LUO Q， KANG J， et al. YTHDF1 Aggravates the Progression of Cervical Cancer Through m6A-Mediated Up-Regulation of RANBP2［J］. Front Oncol， 2021，11：650383.
18	YAO X， LI W， LI L， et al. YTHDF1 upregulation mediates hypoxia-dependent breast cancer growth and metastasis through regulating PKM2 to affect glycolysis［J］. Cell Death Dis， 2022，13（3）：258.
19	HAO L， WANG J M， LIU B Q， et al. m6A-YTHDF1-mediated TRIM29 upregulation facilitates the stem cell-like phenotype of cisplatin-resistant ovarian cancer cells［J］. Biochim Biophys Acta Mol Cell Res， 2021，1868（1）：118878.
20	WANG S， GAO S， ZENG Y， et al. N6-Methyladenosine Reader YTHDF1 Promotes ARHGEF2 Translation and RhoA Signaling in Colorectal Cancer［J］. Gastroenterology， 2022，162（4）：1183-1196.
21	LIU T， YANG S， CHENG Y P， et al. The N6-Methyladenosine （m6A） Methylation Gene YTHDF1 Reveals a Potential Diagnostic Role for Gastric Cancer［J］. Cancer Manag Res， 2020，12：11953-11964.
22	BAI X， WONG C C， PAN Y， et al. Loss of YTHDF1 in gastric tumors restores sensitivity to antitumor immunity by recruiting mature dendritic cells［J］. J Immunother Cancer， 2022，10（2）： e003663.
23	YOU Q， WANG F， DU R， et al.m6A Reader YTHDF1-Targeting Engineered Small Extracellular Vesicles for Gastric Cancer Therapy via Epigenetic and Immune Regulation［J］. Adv Mater， 2023，35（8）： e2204910.
24	JIANG X， LIU B， NIE Z， et al. The role of m6A modification in the biological functions and diseases［J］. Signal Transduct Target Ther， 2021， 6（1）：74.
25	HU L， LIU S， YAO H， et al. Identification of a novel heterogeneous nuclear ribonucleoprotein A2B1 （hnRNPA2B1） ligand that disrupts HnRNPA2B1/nucleic acid interactions to inhibit the MDMX-p53 axis in gastric cancer［J］. Pharmacol Res， 2023，189：106696.
26	PENG W Z， ZHAO J， LIU X， et al. hnRNPA2B1 regulates the alternative splicing of BIRC5 to promote gastric cancer progression［J］. Cancer Cell Int， 2021，21（1）：281.
27	BOURAS E， TSILIDIS K K， TRIGGI M， et al. Diet and Risk of Gastric Cancer： An Umbrella Review［J］. Nutrients， 2022， 14（9）：1764.
28	LI Y， ESHAK E S， SHIRA K， et al. Alcohol Consumption and Risk of Gastric Cancer： The Japan Collaborative Cohort Study［J］. J Epidemiol， 2021， 31（1）：30-36.
29	REN J S， KAMANGAR F， FORMAN D， et al. Pickled food and risk of gastric cancer--a systematic review and meta-analysis of English and Chinese literature［J］. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev， 2012， 21（6）：905-915.
30	MARTIMIANAKI G， ALICANDRO G， PELUCCHI C， et al. Tea consumption and gastric cancer： a pooled analysis from the Stomach cancer Pooling （StoP） Project consortium［J］. Br J Cancer， 2022， 127（4）：726-734.

特征	对照组（n = 525）	病例组（n = 457）	χ ² 值	P值
性别			1.062	0.303
男	278（53.0）	257（56.2）
女	247（47.0）	200（43.8）
年龄（x ± s，岁）	57.51 ± 5.74	58.03 ± 6.95		0.197
吸烟
是	200（38.1）	161（35.2）	0.863	0.353
否	325（61.9）	296（64.8）
饮酒
是	96（18.3）	132（28.9）	15.394	< 0.001
否	429（81.7）	325（71.1）
饮茶			106.699	< 0.001
是	154（29.3）	19（4.2）
否	371（70.7）	438（95.8）
吃腌制食物			52.816	< 0.001
是	368（70.1）	407（89.1）
否	157（29.9）	50（10.9）
吃油炸食物			1.540	0.215
是	484（92.2）	411（89.9）
否	41（7.8）	46（10.1）
肿瘤家族史			3.284	0.070
是	74（14.1）	47（10.3）
否	451（85.9）	410（89.7）
浸润程度
T1		45（9.8）
T2		54（11.8）
T3		48（10.5）
T4		307（67.2）
数据缺失		3（0.3）
淋巴结转
N0		156（34.1）
N1		301（65.9）
远端转移
M0		401（87.7）
M1		56（12.3）
胃癌分期
早期		29（6.3）
中晚期		428（93.7）

SNPs	基因型	实际频数［n（%）］	理论频数［n（%）］	χ ² 值	P值
YTHDF1 rs6011668	CC	370（70.5）	365（69.5）
	TC	148（28.2）	148（28.2）	3.38	0.066
	TT	7（1.3）	12（2.3）
HNRNPA2B1rs2070601	AA	221（42.1）	226（43.0）
	AG	241（45.9）	235（44.8）	0.05	0.827
	GG	63（12.0）	64（12.2）
HNRNPA2B1rs76558212	TT	424（80.8）	417（79.4）
	TC	96（18.3）	101（19.2）	0.03	0.866
	CC	5（1.0）	7（1.3）

SNPs	基因模型	对照组（n = 525）	病例组（n = 457）	Wald χ ²	P^a 值	OR^a （95%CI）
YTHDF1 rs6011668
	共显性模型
	CC	370（70.5）	313（68.5）			1.000
	TC	148（28.2）	128（28.0）	0.659	0.417	1.138（0.833~1.556）
	TT	7（1.3）	16（3.5）	4.821	0.028	3.075（1.128~8.382）
	显性模型
	CC	370（70.5）	313（68.5）			1.000
	TC/TT	155（29.5）	144（31.5）	1.717	0.190	1.225（0.904~1.660）
	隐性模型
	CC/TC	518（98.7）	441（96.5）			1.000
	TT	7（1.3）	16（3.5）	4.543	0.033	2.961（1.091~8.033）
	等位基因模型
	C	888（84.6）	754（82.5）			1.000
	T	162（15.4）	160（17.5）	3.217	0.073	1.276（0.978~1.667）
HNRNPA2B1 rs2070601
	共显性模型
	AA	221（42.1）	202（44.2）			1.000
	AG	241（45.9）	198（43.3）	0.703	0.402	0.880（0.654~1.186）
	GG	63（12.0）	57（12.5）	0.291	0.589	0.884（0.565~1.383）
	显性模型
	AA	221（42.1）	202（44.2）			1.000
	AG+GG	304（27.9）	255（55.8）	0.776	0.378	0.881（0.665~1.168）
	隐性模型
	AA+AG	462（88.0）	400（87.5）			1.000
	GG	63（12.0）	57（12.5）	0.073	0.787	0.944（0.620~1.437）
	等位基因模型
	A	683（65.0）	602（65.9）			1.000
	G	367（35.0）	312（34.1）	0.609	0.435	0.921（0.749~1.132）
HNRNPA2B1 rs76558212
	共显性模型
	TT	424（80.8）	356（77.9）			1.000
	TC	96（18.3）	92（20.1）	0.004	0.952	1.011（0.709~1.441）
	CC	5（1.0）	9（2.0）	0.339	0.560	1.401（0.451~4.354）
	显性模型
	TT	424（80.8）	356（77.9）			1.000
	TC+CC	101（19.2）	101（22.1）	0.041	0.839	1.036（0.735~1.461）
	隐性模型
	TT+TC	520（99.0）	448（98.0）			1.000
	CC	5（1.0）	9（2.0）	0.336	0.562	1.398（0.451~4.335）
	等位基因模型
	T	944（89.9）	804（88.0）			1.000
	C	106（10.1）	110（12.0）	0.122	0.726	1.057（0.774~1.445）

变量	rs6011668基因型（对照/病例）		Wald χ ²	P^a 值	OR^a （95%CI）
变量	CC/TC	TT	Wald χ ²	P^a 值	OR^a （95%CI）
年龄
< 60岁	324/228	4/8	3.854	0.050	4.311（1.002 ~ 18.543）
≥ 60岁	191/213	3/8	0.514	0.474	1.676（0.409 ~ 6.872）
性别
男	274/250	4/7	0.998	0.318	2.051（0.501 ~ 8.399）
女	244/191	3/9	2.484	0.115	3.276（0.749 ~ 14.331）
吸烟
是	199/157	1/4	1.082	0.298	3.567（0.325 ~ 39.180）
否	319/284	6/12	2.149	0.143	2.393（0.745 ~ 7.688）
饮酒
是	95/128	1/4	0.833	0.362	3.212（0.262 ~ 39.383）
否	423/313	6/12	2.700	0.100	2.490（0.838 ~ 7.393）
饮茶
是	151/18	3/1	0.082	0.775	1.439（0.119 ~ 17.398）
否	367/423	4/15	4.046	0.044	3.242（1.031 ~ 10.201）
吃腌制食物
是	362/392	6/15	3.936	0.047	2.936（1.013 ~ 8.508）
否	156/49	1/1	0.588	0.455	2.928（0.175 ~ 49.011）
吃油炸食物
是	477/396	7/15	4.452	0.035	2.956（1.080 ~ 8.089）
否	41/45	0/1	-	1.000	/
肿瘤家族史
是	72/44	2/3	0.740	0.390	2.800（0.268 ~ 29.273）
否	446/397	5/13	3.789	0.052	3.086（0.992 ~ 9.599）

变量	rs6011668基因型（对照/病例）		Wald χ ²	P^a 值	OR^a （95%CI）
变量	CC/TC	TT	Wald χ ²	P^a 值	OR^a （95%CI）
浸润程度
T1	518/44	7/1	0.276	0.599	1.862（0.183 ~ 18.896）
T2/ T3/ T4	518/51	7/3	5.154	0.023	3.226（1.174 ~ 8.867）
淋巴结转移
N0	518/150	7/6	2.900	0.089	2.942（0.850 ~ 10.186）
N1	518/291	7/10	4.444	0.035	3.219（1.086 ~ 9.545）
远端转移
M0	518/386	7/15	4.475	0.034	2.970（1.083 ~ 8.145）
M1	518/55	7/1	0.144	0.705	1.557（0.158 ~ 15.372）
胃癌分期
早期	518/28	7/1	0.589	0.443	2.510（0.239 ~ 26.337）
中晚期	518/413	7/15	4.819	0.028	3.079（1.128 ~ 8.403）