荧光PCR-毛细管电泳法在人运动神经元存活基因1和运动神经元存活基因2检测中的应用

doi:10.3969/j.issn.1006-5725.2023.23.018

实用医学杂志 ›› 2023, Vol. 39 ›› Issue (23): 3127-3131.doi: 10.3969/j.issn.1006-5725.2023.23.018

荧光PCR-毛细管电泳法在人运动神经元存活基因1和运动神经元存活基因2检测中的应用

李少英,何健淳,赵耿烨,冼嘉嘉,黄玲玲,何文智,马晓燕,张慧敏,张敏聪,黎青()

广州医科大学附属第三医院妇产科，广东省产科重大疾病重点实验室，妇研所实验部（广州 510150 ）

收稿日期:2023-05-12 出版日期:2023-12-10 发布日期:2024-01-08
通讯作者: 黎青 E-mail:81292522@163.com
基金资助:
广东省基础与应用基础研究基金项目(2021A1515220152)

PCR-based capillary electrophoresis（PCR/CE） for genetic detection of SMN 1 and SMN 2

Shaoying LI,Jianchun HE,Gengye ZHAO,Jiajia XIAN,Lingling HUANG,Wenzhi HE,Xiaoyan MA,Huimin ZHANG,Mincong ZHANG,Qing. LI()

Department of Obstetrics and Gynecology，Guangdong Provincial Key Laboratory of Major Obstetric Diseases，Experimental Department of Obstetrics and Gynecology Institute，the Third Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University，Guangzhou 510150，China

Received:2023-05-12 Online:2023-12-10 Published:2024-01-08
Contact: Qing. LI E-mail:81292522@163.com

摘要/Abstract

摘要：

目的建立荧光PCR-毛细管电泳（PCR/CE）方法，检测人运动神经元存活基因1（SMN1）和运动神经元存活基因2（SMN2），评价其性能。方法采用PCR/CE方法和SMA基因诊断的金标准多重连接探针扩增技术（multiplex ligation-dependent probe amplification， MLPA），同步盲法对样本进行检测。以MLPA检测结果为标准，检测PCR/CE方法的性能。结果本次共纳入样本336例，其中纯合缺失型50例（14.9%），杂合缺失型65例（19.3%），无缺失型221例（65.8%）。PCR/CE方法检出SMN1和SMN2拷贝数为0、1、2、3、≥ 4的结果与MLPA方法检测结果完全一致。结论 PCR/CE方法用于SMA相关的基因检测，可准确检出SMN1和SMN2基因第7号外显子和第8号外显子拷贝数（0、1、2、3、≥ 4）。

关键词: 脊肌萎缩症, 运动神经元存活基因1, 运动神经元存活基因2, 基因诊断

Abstract:

Objective To establish a PCR-based capillary electrophoresis （PCR/CE） to detect Survival Motor Neuron 1 （SMN1） and Survival Motor Neuron 2 （SMN2） genes and to evaluate its performance. Methods PCR/CE and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification （MLPA） for SMA gene diagnosis were used to blindly test the samples in sync. The performance of PCR/CE was assessed using MLPA results as the standard. Results A total of 336 samples were included in this study， consisting of 50 homozygous deletion types （14.9%）， 65 heterozygous deletion types （19.3%）， and 221 non-deletion types （65.8%）. The results of PCR/CE for detecting SMN1 and SMN2 copy numbers （0， 1， 2， 3， ≥ 4） were in complete agreement with the results of the MLPA. Conclusions PCR/CE for gene testing related to SMA could accurately detect copy numbers of exon 7 and exon 8 of the SMN1 and SMN2 genes （0， 1， 2， 3， ≥ 4）.

Key words: spinal muscular atrophy, SMN1 gene, SMN2 gene, gene diagnosis

中图分类号:

Q3-3

李少英,何健淳,赵耿烨,冼嘉嘉,黄玲玲,何文智,马晓燕,张慧敏,张敏聪,黎青. 荧光PCR-毛细管电泳法在人运动神经元存活基因1和运动神经元存活基因2检测中的应用[J]. 实用医学杂志, 2023, 39(23): 3127-3131.

Shaoying LI,Jianchun HE,Gengye ZHAO,Jiajia XIAN,Lingling HUANG,Wenzhi HE,Xiaoyan MA,Huimin ZHANG,Mincong ZHANG,Qing. LI. PCR-based capillary electrophoresis（PCR/CE） for genetic detection of SMN 1 and SMN 2[J]. The Journal of Practical Medicine, 2023, 39(23): 3127-3131.

图/表 5

表1

表2

表3

表4

表5

参考文献 25

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受试者类型	PCR/CE法结果		MLPA法结果
受试者类型	基因型（SMN1∶SMN2）	样本例数	基因型（SMN1∶SMN2）	样本例数
SMN1 EX-7纯合缺失（50例）	0∶2	17	0∶2	17
	0∶3	32	0∶3	32
	0∶≥4	1	0∶≥4	1
SMN1 EX-7杂合缺失（65例）	1∶0	1	1∶0	1
	1∶1	8	1∶1	8
	1∶1/2∶0	1	1∶1/2∶0	1
	1∶2	31	1∶2	31
	1∶3	21	1∶3	21
	1∶3/2∶2	1	1∶3/2∶2	1
	1∶≥4	2	1∶≥4	2
SMN1 EX-7无缺失（221例）	2∶0	4	2∶0	4
	2∶1	60	2∶1	60
	2∶1/1∶2	1	2∶1/1∶2	1
	2∶1/3∶0	2	2∶1/3∶0	2
	2∶2	135	2∶2	135
	2∶2/3∶1	3	2∶2/3∶1	3
	2∶3	5	2∶3	5
	2∶4	1	2∶≥4	1
	3∶0	1	3∶0	1
	3∶1	5	3∶1	5
	3∶1/2∶2	1	3∶1/2∶2	1
	3∶2	3	3∶2	3

MLPA法	PCR/CE法
MLPA法	SMN1-EX7为0拷贝	SMN1-EX7为1拷贝	SMN1-EX7为2拷贝	SMN1-EX7为3拷贝	SMN1-EX7为≥ 4拷贝	合计
合计	50	65	211	10	0	336
SMN1-EX7为0拷贝	50	0	0	0	0	50
SMN1-EX7为1拷贝	0	65	0	0	0	65
SMN1-EX7为2拷贝	0	0	211	0	0	211
SMN1-EX7为3拷贝	0	0	0	10	0	10
SMN1-EX7为≥ 4拷贝	0	0	0	0	0	0

MLPA法	PCR/CE法
MLPA法	SMN1-EX8为0拷贝	SMN1-EX8为1拷贝	SMN1-EX8为2拷贝	SMN1-EX8为3拷贝	SMN1-EX8为≥ 4拷贝	合计
合计	50	68	208	10	0	336
SMN1-EX8为0拷贝	50	0	0	0	0	50
SMN1-EX8为1拷贝	0	68	0	0	0	64
SMN1-EX8为2拷贝	0	0	208	0	0	208
SMN1-EX8为3拷贝	0	0	0	10	0	14
SMN1-EX8为≥ 4拷贝	0	0	0	0	0	0

MLPA法	PCR/CE法
MLPA法	SMN2?EX7为0拷贝	SMN2?EX7为1拷贝	SMN2?EX7为2拷贝	SMN2?EX7为3拷贝	SMN2?EX7为≥ 4拷贝	合计
合计	6	74	189	63	4	336
SMN2?EX7为0拷贝	6	0	0	0	0	6
SMN2?EX7为1拷贝	0	74	0	0	0	74
SMN2?EX7为2拷贝	0	0	189	0	0	189
SMN2?EX7为3拷贝	0	0	0	63	0	63
SMN2?EX7为≥ 4拷贝	0	0	0	0	4	4

MLPA法	PCR/CE法
MLPA法	SMN2-EX8为0拷贝	SMN2-EX8为1拷贝	SMN2-EX8为2拷贝	SMN2-EX8为3拷贝	SMN2-EX8为≥4拷贝	合计
合计	9	76	189	58	4	336
SMN2-EX8为0拷贝	9	0	0	0	0	9
SMN2-EX8为1拷贝	0	76	0	0	0	76
SMN2-EX8为2拷贝	0	0	189	0	0	189
SMN2-EX8为3拷贝	0	0	0	58	0	58
SMN2-EX8为≥ 4拷贝	0	0	0	0	4	4

荧光PCR-毛细管电泳法在人运动神经元存活基因1和运动神经元存活基因2检测中的应用

PCR-based capillary electrophoresis（PCR/CE） for genetic detection of SMN 1 and SMN 2

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